در این نظام، اعتبارات بودجه‌ای بر مبنای عملکرد واحدهای سازمانی در راستای تولید خروجی‌ها (محصولات و خدمات) یا همان اهداف کوتاه‌مدت و یا دستیابی به پیامدها و یا همان اهداف بلندمدت، تخصیص می‌یابد و بدین ترتیب سازمان به سمت افزایش شفافیت در نحوه مصرف منابع برای انجام فعالیت‌ها، تولید خروجی‌ها و دستیابی به اهداف و استراتژی‌ها و نیز پاسخگویی بیشتر سوق می‌یابد. بودجه به عنوان بیان مالی عملیات اجرایی، مهم‌ترین سند مالی است که دستگاه‌های اجرایی را در دستیابی به اهداف سند چشم انداز و انجام اثربخش وظایف خود یاری می‌کند. نظام بودجه ریزی عملیاتی با هدف نتیجه محوری سعی می‌کند تا با پیوند اعتبارات بودجه‌ای به نتایج اقدامات به اهداف صرفه جویی، کارایی و اثربخشی بودجه دست یابد. هدف نهایی بودجه‌ریزی عملیاتی مانی کمک به اتخاذ تصمیمات عقلایی درباره تخصیص و تعهد منابع دولتی یا بخش عمومی براساس پیامدهای قابل سنجش است که نتایج قابل انتظار (عملکرد) دستگاه را در طول زمان منعکس می‌کند. مجلس شورای اسلامی در بند ز تبصره یک قانون بودجه سال 1381 و جزء 2 بند ب تبصره 4 قوانین بودجه سال های 1382 و 1383 و مواد 138 و 144 قانون توسعه برنامه چهارم و نیز سایر مصوبات، دولت را ملزم کرده است که برای اصلاح نظام بودجه ریزی از روش موجود به روش هدفمند و عملیاتی و به صورت قیمت تمام شده خدمات اقدام کند. بودجه‌ریزی عملیاتی مانی نوعی سامانه برنامه ریزی، بودجه ریزی و ارزیابی است که بر رابطه بودجه هزینه شده و نتایج مورد انتظار تاکید می‌کند. بودجه عملیاتی محصول برنامه ریزی استراتژیک است که درآن تصمیمات مربوط به تخصیص بهینه منابع بر پایه نتایج پذیرفته شده و محک‌های سازمانی مربوط به اهداف کلی، اختصاصی، استراتژی‌ها و برنامه‌های عملیاتی هر سازمان صورت می‌گیرد. بعد از تهیه برنامه استراتژیک، هر سازمانی که اعتبارات دولتی دریافت می‌کند، بودجه خود را طوری تهیه و تنظیم می‌کند که تصمیم‌گیری‌های دارای اولویت مربوط به برنامه استراتژیک خود را منعکس کند. پس تقاضای بودجه توسط سازمان، بیانگر نیازهای آن سازمان برای اجرای نتایج دارای اولویت در برنامه استراتژیک خود است. بودجه‌ریزی عملیاتی یک برنامه تلفیق عملکرد سالانه و بودجه سالانه است که روابط بین سطح اعتبارات برنامه و نتایج مورد انتظار را نشان می‌دهد. همچنین تایید می‌کند که یک هدف یا مجموعه‌ای از هدف‌ها باید با مقدار معینی از اعتبارات بدست آید. یک بودجه عملیاتی علاوه بر تخصیص هزینه‌های فعالیت، همه فعالیت‌های (مستقیم و غیرمستقیم) مورد نیاز برای پشتیبانی یک برنامه را تعریف و تعیین می‌کند. یک بودجه عملیاتی عبارت است از یک برنامه سالانه به همراه یک بودجه سالانه که رابطه میان میزان وجوه تخصیص یافته به هر برنامه با نتایج به دست آمده از اجرای آن برنامه را نشان می‌دهد. این بدان معنی است که با میزان مشخصی از مخارج انجام شده در هر برنامه، می‌باید مجموعه معینی از اهداف تامین شود.