مشکل عمده در استفاده از این ابزارها عدم یکپارچگی آن‌ها با ماژول‌های در حال کار و یکپارچه سازمان است که ایجاد این ارتباط و کیفیت و تغییرات آن‌ها چالش برانگیز است. پیشنهاد می‌شود نمونه این چالش‌ها را استفاده از ابزارهایی مانند share Point و system maker و موارد مشابه در شرکت‌های ایرانی بررسی فرمایید. نقطه قوت اصلی نرم افزار مدیر گردش کار سیاق، یکی بودن آن با نرم افزارها و ماژول‌های آماده سیاق است و به همین دلیل صورت مسئله گردش کار و اجرای BPMS در سیاق بسیار راحت‌تر از دیگر ابزارها، که صرفا جریان گردش کار را مدیریت می‌کنند، حل می‌شود. بدیهی است هر نرم افزار مدیر گردش کاری به یک کارتابل (محیطی که با آن با کاربران جهت انجام task ها، تصمیم‌گیری‌ها، شروع پروسه و... ارتباط می‌گیرند) قدرتمند نیاز دارد که در این ابزار تحت عنوان میز کار الکترونیک ارائه می‌شود. میزکار الکترونیک سیاق مشابه کارتابل نرم افزارهای اتوماسیون اداری و گردش نامه است ولی کارکردهای بیشتری را نسبت به آن دارد.