مشکل عمده در استفاده از این ابزارها عدم یکپارچگی آنها با ماژولهای در حال کار و یک پارچه سازمان است که ایجاد این ارتباط و کیفیت و تغییرات آنها چالش بر انگیز است. پیشنهاد میشود نمونه این چالش ها را استفاده از ابزارهایی مانند share Point و system maker و موارد مشابه در شرکتهای ایرانی بررسی فرمایید. نقطه قوت اصلی نرم افزار مدیر گزدش کار سیاق یکی بودن آن با نرم افزارها و ماژولهای آماده سیاق است و به همین دلیل صورت مسئله گردش کار و اجرBPMS در سیاق بسیار راحتتر از ابزارهایی که صرفا جریان گردش کار را مدیریت میکنند حل میشود. بدیهی است هر نرم افزار مدیر گردش کاری به یک کارتابل (محیطی که با آن با کاربران جهت انجام task ها و تصمصم گیری ها و شروع چروسه و... ارتباط میگیرد) قدرتمند نیاز دارد که در این ابزار تحت عنوان میز کار الکترو نیک ارایه میشود. میز کار الکترونیک سیاق مشابه کارتابل نرم افزارهای اتوماسیون اداری و گردش نامه است ولی کارکرد های بیشتر را به نسبت آن دارد.